Dengan mulai dilaksanakannya program Desentralisasi dan Otonomi Daerah tersebut
pada tahun 2001, maka setiap daerah harus merumuskan, merencanakan dan melaksanakan
pembangunan daerahnya secara mandiri. Berdasarkan Pasal 11 Undang-Undang No. 22 Tahun
1999, Pemerintah Pusat mendelegasikan kewenangan kepada Pemerintah Daerah untuk
merencanakan, melaksanakan dan mengendalikan program-program pembangunan di 11
sektor, yaitu (1) pekerjaan umum, (2) kesehatan, (3) pendidikan dan kebudayaan, (4) pertanian,
(5) perhubungan, (6) industri dan perdagangan, (7) penanaman modal, (8) lingkungan hidup,
(9) pertanahan, (10) koperasi, dan (11) tenaga kerja.

Pelaksanaan Program Desentralisasi dan Otonomi Daerah menuntut adanya
pemerintahan yang baik (good governance), yang dicirikan oleh adanya keterbukaan
(transparancy), tanggap (responsiveness) dan bertangggung jawab (accountability). Guna
mensukseskan pelaksanaan program pembangunan daerah dibutuhkan tenaga-tenaga
manajemen tingkat puncak dan menengah yang terdiri atas Pimpinan daerah (Legislatif dan
eksekutif), staff Lembaga Kementerian, Lembaga Swadaya Masyarakat serta aparatur
Pemerintah Daerah, yang mampu berfikir dan bertindak strategik dalam menghadapi tantangan
dan pengaruh globalisasi.
Di era Desentralisasi dan Otonomi Daerah, manajer Pembangunan Daerah tidak lagi
menunggu instruksi dari Pemerintah Pusat untuk melaksanakan pembangunan di daerahnya,
tetapi mereka harus mampu menumbuhkan dan menggerakkan partisipasi masyarakat untuk
bersama-sama merencanakan, melaksanakan dan mengendalikan program-program
pembangunan di daerahnya. Oleh karena itu, para manajer pembangunan tersebut diharapkan
tidak lagi berjiwa birokrat, tetapi berjiwa manajer profesional.
Lembaga pendidikan tinggi sebagai pusat perkembangan ilmu pengetahuan adalah salah
satu faktor pendorong utama dalam percepatan kegiatan pembangunan. Melalui pelaksanaan
tridharma perguruan tinggi, Institut Pertanian Bogor senantiasa berpastispasi aktif dalam
pembangunan nasional dan daerah. Institut Pertanian Bogor berusaha memberikan kontribusi
terbaik dalam memenuhi kebutuhan sumberdaya manajemen profesional dalam
mengoptimalkan pelaksanaan pembangunan otonomi daerah dan berkelanjutan nasional.
Dalam memenuhi kebutuhan dan meningkatkan sumberdaya manusia yang profesional
dalam manajemen pembanguan daerah, maka IPB sejak tahun 2002 telah menyelenggarakan
Program Studi Manajemen Pembangunan Daerah (MPD) yang merupakan program magister
(S2) pada sekolah Pascasarjana IPB. Program Studi MPD bertujuan membantu Pemerintah
Daerah (Kabupaten/Kota dan Provinsi) dalam memenuhi kebutuhan sumberdaya manajemen
profesional guna mengoptimalkan perencanaan, pelaksanaan dan monitoring/evaluasi
pembangunan daerah yang berdaya saing serta berkelanjutan.
Program Studi MPD telah memperoleh predikat A (sangat baik) dari Badan Akreditasi
Nasional – Perguruan Tinggi (BAN-PT) pada tahun 2017 untuk periode 2017-2022. Program
Studi MPD telah menjalin kerjasama penyelengaraan pendidikan Magister Profesional MPD di
 daerah dengan beberapa pemerintah daerah diantaranya Provinsi Riau, Provinsi Gorontalo,
Kabupaten Lampung Barat, Kabupaten Indragiri Hilir, Kabupaten Bengkalis dan Kota Riau).
Tahun 2014 dan 2015 menjalin bekerjasama dengan Badan Pengawasan Keuangan dan
Pembangunan (BPKP) Pusat dalam penyelenggaraan pendidikan tinggi (magister) bagi aparatur
pemerintahan Pusat dan Daerah dengan program beasiswa State Accountability Revitalization
(STAR).